کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

English

صفحه اصلی / یازدهمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

ParaKavosh: A Parallel Algorithm for Finding Biological Network Motifs

نویسندگان :

Zahra Razaghi Moghadam Kashani¹ Ali Masoudi-nejad² Abbas Nowzari-dalini³

1- موسسه ماکس پلانک 2- دانشگاه تهران 3- دانشگاه تهران

کلمات کلیدی :

Network Motifs, Bioinformatics, Parallel Algorithms

چکیده :

Biological networks have recently gathered much attraction in finding their motifs, which are small connected sub-graphs that occur significantly in higher frequencies than in random networks. They are useful concept to uncover structural design principles of complex networks. The importance of this problem causes attention of improving the existing algorithms. As the running time of an algorithm is an important aspect, applying parallel techniques is appropriate for better improvement. In this paper we present a parallel algorithm (ParaKavosh) for finding motifs. We evaluated our algorithm on biological networks of E. coli, S. cerevisiae, Homo sapiens and Rattus norvegicus. The optimality of our algorithm is demonstrated by comparing the obtained results with an efficient sequential algorithm. The results show that our algorithm performs much better in terms of running time.

لیست مقالات

لیست مقالات بایگانی شده

A Potential Solutions-Based Parallelized GA for Application Graph Mapping in Reconfigurable Hardware

Seyed Mehdi Mohtavipour - Hadi Shahriar Shahhoseini

A Novel Approach to Data mining algorithms and IoT based data mining machine learning

Danial Ramezani - Seyed Hossein Siadat

Extending Interaction Flow Modeling Language as a Profile for Form-making Systems

Ghazaleh Shahin - Dr Bahman Zamani

شبکه‌های نرم‌افزار محور در کلان داده: مطالعه‌ی راهکارهای امنیتی و چالش‌ها

احسان سلیمانی دهکردی - محمدرضا ملاخلیلی میبدی

ارائه یک الگوریتم سلسله مراتبی جهت تشخیص نفوذ در شبکه های کامپیوتری

دکتر باقر رحیم پور کامی - سیدمحمد سیدی برشی باقر رحیم پور کامی - سیدمحمد سیدی برشی -

An Improved Image Classification Based In Feature Extraction From Convolutional Neural Network: Application To Flower Classification

Faeze Sadati - Dr Behrooz Rezaie

پیش‌بینی بازار فارکس با استفاده از نمودار شمعی و شبکه‌ی عصبی GRU

محمدرضا نوروزی - مریم مومنی

انتخاب ویژگی با استفاده از الگوریتم بهینه سازی ذرات مبتنی بر استراتژی خود تطبیقی دودویی جهت تشخیص بیماری

الهام صالحی - دکتر محمدرضا کرمی ملایی - دکتر حسام عمرانپور الهام صالحی - محمدرضا کرمی ملایی - حسام عمرانپور -

Binary water stream algorithm: a new meta-heuristic optimization technique

Faezeh Rahimi Sebdani - Mehdi Nasri

Improving Fog Computing Scalability in Software Defined Network using Critical Requests Prediction in IoT

Hajar Ghanbari

بیشتر

ثمین همایش، سامانه مدیریت کنفرانس ها و جشنواره ها - نگارش 42.3.1