International Conference on Information and Knowledge Technology

فارسی

Home / یازدهمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

ParaKavosh: A Parallel Algorithm for Finding Biological Network Motifs

Authors :

Zahra Razaghi Moghadam Kashani¹ Ali Masoudi-nejad² Abbas Nowzari-dalini³

1- موسسه ماکس پلانک 2- دانشگاه تهران 3- دانشگاه تهران

Keywords :

Network Motifs, Bioinformatics, Parallel Algorithms

Abstract :

Biological networks have recently gathered much attraction in finding their motifs, which are small connected sub-graphs that occur significantly in higher frequencies than in random networks. They are useful concept to uncover structural design principles of complex networks. The importance of this problem causes attention of improving the existing algorithms. As the running time of an algorithm is an important aspect, applying parallel techniques is appropriate for better improvement. In this paper we present a parallel algorithm (ParaKavosh) for finding motifs. We evaluated our algorithm on biological networks of E. coli, S. cerevisiae, Homo sapiens and Rattus norvegicus. The optimality of our algorithm is demonstrated by comparing the obtained results with an efficient sequential algorithm. The results show that our algorithm performs much better in terms of running time.

List of archived papers

A High-Speed Quantum Reversible Controlled Adder/Subtractor Circuit

Negin Mashayekhi - Mohammad Reza Reshadinezhad - Shekoofeh Moghimi

Design and modeling of a waiter robot

Amin Mohammadnejad - Hami Tourajizadeh

تاثیر مدیریت دانش مشتری بر توسعه محصول جدید و نوآورانه با رویکرد مدل سازی معادلات ساختاری با استفاده از حداقل مربعات جزئی: مطالعۀ موردی شرکت کاله

دکتر آرش خسروی - سیده فاطمه حسینی - دکتر مرتضی رجب زاده آرش خسروی - سیده فاطمه حسینی - مرتضی رجب زاده -

Classical-Quantum Multiple Access Wiretap Channel with Common Message: One-shot Rate Region

Hadi Aghaee - Dr Bahareh Akhbari

روشی چندوجهی برای تحلیل احساسات در زبان فارسی با استفاده نشریه ساختار بلاغی و ترنسفرمرها

ریحانه احمدی علیائی - امینه امینی - عباس جلیلوند

حفظ حریم خصوصی در انتشار نسخه های متوالی داده‌های شبکه اجتماعی با امکان افزایش یال

طاهره سرزهی - دکتر مهری رجایی طاهره سرزهی - مهری رجایی -

SDN-based Deep Anomaly Detection For Securing Cloud Gaming Servers

Mohammadreza Ghafari - Dr Seyed Mostafa Safavi Hemami

Knowledge Graph Based Retrieval-Augmented Generation for Multi-Hop Question Answering Enhancement

Mahdi Amiri Shavaki - Pouria Omrani - Ramin Toosi - Mohammad Ali Akhaee

Business Process Improvement Challenges: A Systematic Literature Review

Hanieh Kashfi - Fereidoon Shams Aliee

یک روش کارآمد جهت تشخیص آنلاین حملات DRDoS به سرویس های مبتنی بر UDP درمعماری SDN با استفاده از الگوریتم های یادگیری ماشین

میترا اکبری کهنه شهری - دکتر رضا محمدی - دکتر محمد نصیری میترا اکبری کهنه شهری - رضا محمدی - محمد نصیری -

more

Samin Hamayesh - Version 44.5.0