International Conference on Information and Knowledge Technology

فارسی

Home / یازدهمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

ParaKavosh: A Parallel Algorithm for Finding Biological Network Motifs

Authors :

Zahra Razaghi Moghadam Kashani¹ Ali Masoudi-nejad² Abbas Nowzari-dalini³

1- موسسه ماکس پلانک 2- دانشگاه تهران 3- دانشگاه تهران

Keywords :

Network Motifs, Bioinformatics, Parallel Algorithms

Abstract :

Biological networks have recently gathered much attraction in finding their motifs, which are small connected sub-graphs that occur significantly in higher frequencies than in random networks. They are useful concept to uncover structural design principles of complex networks. The importance of this problem causes attention of improving the existing algorithms. As the running time of an algorithm is an important aspect, applying parallel techniques is appropriate for better improvement. In this paper we present a parallel algorithm (ParaKavosh) for finding motifs. We evaluated our algorithm on biological networks of E. coli, S. cerevisiae, Homo sapiens and Rattus norvegicus. The optimality of our algorithm is demonstrated by comparing the obtained results with an efficient sequential algorithm. The results show that our algorithm performs much better in terms of running time.

List of archived papers

User Preferences Elicitation in Bilateral Automated Negotiation Using Recursive Least Square Estimation

Farnaz Salmanian - Dr Hamid Jazayeri - Dr Javad Kazemitabar

جانمایی توزیع‌شده محتوا برای ذخیره‌سازی موقت در شبکه‌های سلولی کوچک با حضور کاربران مخرب

زهرا رشیدی - دکتر وصال حکمی - حانیه سلمان‌طاهری زهرا رشیدی - وصال حکمی - حانیه سلمان‌طاهری -

Heart Sound Classification based on Group-based Sparse Features of PCG Signal

Zahra Hossein-Nejad - Mehdi Nasri

A Potential Solutions-Based Parallelized GA for Application Graph Mapping in Reconfigurable Hardware

Seyed Mehdi Mohtavipour - Hadi Shahriar Shahhoseini

Web Service Ranking based on QoS and Use Prefer

Seyed Hossein Siadat - Danial Ramezani - Fatemeh Ahani

تحلیل احساسات نظرات کاربران تجارت الکترونیک با استفاده از تکنیک های یادگیری عمیق

محیا دشتیانه - رضا قاسمی یقین

Classification of Personality Traits on Facebook Using Key Phrase Extraction, Language Models and Machine Learning

Faezeh Safari - Abdolah Chalechale

مکان‌یابی بهینه آلودگی در شبکه‌های توزیع آب با استفاده از تکنولوژی اینترنت اشیاء بر مبنای پیشبینی سری زمانی چند متغیره

زینب محزون - امید بوشهریان

تشخیص بیماری مزمن کلیوی با استفاده از یادگیرنده‌های گروهی و انتخاب ویژگی‌های مؤثر مبتنی‌ بر الگوریتم بهینه‌سازی تبادل حرارتی

صبا عارف‌نیا - مهدی هاشم‌زاده - امین گلزاری اسکوئی

PeCoQ: A Dataset for Persian Complex Question Answering over Knowledge Graph

Romina Etezadi - Mehrnoush Shamsfard

more

Samin Hamayesh - Version 44.2.0