International Conference on Information and Knowledge Technology

فارسی

Home / یازدهمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

ParaKavosh: A Parallel Algorithm for Finding Biological Network Motifs

Authors :

Zahra Razaghi Moghadam Kashani¹ Ali Masoudi-nejad² Abbas Nowzari-dalini³

1- موسسه ماکس پلانک 2- دانشگاه تهران 3- دانشگاه تهران

Keywords :

Network Motifs, Bioinformatics, Parallel Algorithms

Abstract :

Biological networks have recently gathered much attraction in finding their motifs, which are small connected sub-graphs that occur significantly in higher frequencies than in random networks. They are useful concept to uncover structural design principles of complex networks. The importance of this problem causes attention of improving the existing algorithms. As the running time of an algorithm is an important aspect, applying parallel techniques is appropriate for better improvement. In this paper we present a parallel algorithm (ParaKavosh) for finding motifs. We evaluated our algorithm on biological networks of E. coli, S. cerevisiae, Homo sapiens and Rattus norvegicus. The optimality of our algorithm is demonstrated by comparing the obtained results with an efficient sequential algorithm. The results show that our algorithm performs much better in terms of running time.

List of archived papers

STANet: Spatio-Temporal Attention-Enhanced WaveNet for Crime Hotspot Prediction

Rojan Roshankar - Mohammad Reza Keyvanpour

A Multi-Task Framework Using Mamba for Identity, Age, and Gender Classification from Hand Images

Amirabbas Rezasoltani - Alireza Hosseini - Ramin Toosi - MohammadAli Akhaee

Load Balancing in Software-Defined Networks Using Multi-Level Thresholds and Hybrid Switch Migration Strategies

Alireza Karimi - Mohammad yousef Darmani

طراحی نرم افزاری مبتنی بر واقعیت افزوده با کاربرد فروش عینک

مینا علیانژاد - نسترن زنجانی - زهرا عسکری نژاد امیری

A qualitative spoofing detection system based on LSTMs for IoMT

Iman Jafarian - Amirmasoud Sepehrian - Siavash Khorsandi

Electrophysiological Modeling and Interactive Approaches of Electrical Circuits and Hypergraphs for Understanding Neural Circuit Dynamics

Arian Baymani - Maryam Naderi Soorki

یک روش کارآمد جهت تشخیص آنلاین حملات DRDoS به سرویس های مبتنی بر UDP درمعماری SDN با استفاده از الگوریتم های یادگیری ماشین

میترا اکبری کهنه شهری - دکتر رضا محمدی - دکتر محمد نصیری میترا اکبری کهنه شهری - رضا محمدی - محمد نصیری -

AI-based Message Spam Classification Framework for Secure Autonomous Vehicles Communication

Riya Upadhyay - Mili Virani - Lakshit Pathak - Rajesh Gupta - Sudeep Tanwar - Hossein Shahinzadeh

ارزیابی و برنامه‌ریزی اجرای پیشنهادی هوش مصنوعی در صنعت پتروشیمی ایران

امین رضا انصاری - احد قائمی - سید مهدی کوچک کوثری

بررسی امنیت وفقی در اینترنت وسایل نقلیه

سیده یگانه غیور باغبانی - دکتر سعید جلیلی سیده یگانه غیور باغبانی - سعید جلیلی -

more

Samin Hamayesh - Version 44.5.0