International Conference on Information and Knowledge Technology

فارسی

Home / یازدهمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات و دانش

ParaKavosh: A Parallel Algorithm for Finding Biological Network Motifs

Authors :

Zahra Razaghi Moghadam Kashani¹ Ali Masoudi-nejad² Abbas Nowzari-dalini³

1- موسسه ماکس پلانک 2- دانشگاه تهران 3- دانشگاه تهران

Keywords :

Network Motifs, Bioinformatics, Parallel Algorithms

Abstract :

Biological networks have recently gathered much attraction in finding their motifs, which are small connected sub-graphs that occur significantly in higher frequencies than in random networks. They are useful concept to uncover structural design principles of complex networks. The importance of this problem causes attention of improving the existing algorithms. As the running time of an algorithm is an important aspect, applying parallel techniques is appropriate for better improvement. In this paper we present a parallel algorithm (ParaKavosh) for finding motifs. We evaluated our algorithm on biological networks of E. coli, S. cerevisiae, Homo sapiens and Rattus norvegicus. The optimality of our algorithm is demonstrated by comparing the obtained results with an efficient sequential algorithm. The results show that our algorithm performs much better in terms of running time.

List of archived papers

IoT-Based Model in Smart Urban Traffic Control: Graph theory and Genetic Algorithm

Saeed Doostali - Seyed Morteza Babamir - Mohammad Shiralizadeh Dezfoli - Behzad Soleimani Neysiani

A Deep Neural Network-based Method for MmWave Time-varying Channel Estimation

Amirhossein Molazadeh - Zahra Maroufi - Mehrdad Ardebilipour

ارائه راهکاری جهت مقابله با حملات DoS در شبکه های نرم افزارمحور

ویدا هاشمی - احمد بختیاری شهری - رضا جاویدان

A Comparison between Slimed Network and Pruned Network for Head Pose Estimation

Amir Salimiparsa - Hadi Veisi - Mohammad-shahram Moin

کشف برخط تقلب پیشنهاد ساختگی (Bid-Shielding) در مناقصه و مزایده‌های الکترونیکی هلندی با رویکرد تحلیل شبکه اجتماعی

فاطمه الثلایا - دکتر سید علیرضا هاشمی گلپایگانی فاطمه الثلایا - سید علیرضا هاشمی گلپایگانی -

Benchmarking Embedding Models for Persian-Language Semantic Information Retrieval

Mahmood Kalantari - Mehdi Feghhi - Nasser Mozayani

طرحی برای تبدیل نمودارهای رفتاری BPMN به نمودار UML و تولید کد از آن

مهدیس صفری - احمد عبدالله زاده بارفروش

Improving Fog Computing Scalability in Software Defined Network using Critical Requests Prediction in IoT

Hajar Ghanbari

شناسایی جایگاه مالونیلاسیون در پروتئین‌ها با بهره‌گیری از استخراج ویژگی و تکنیک‌های پردازش زبان طبیعی

حنانه رجبیون - محمد قاسم زاده - وحید رنجبر بافقی

Face Recognition Based on Local Statistical Features and Artificial Neural Network

Mehdi Moghimi - Dr Hadi Grailu

more

Samin Hamayesh - Version 42.5.2